Precision Medicine will need to get out of the pharma silo that is based on symptoms


Welcome to the digital era of biology (and to this modest blog I started in early 2005).

To cure many diseases, like cancer or cystic fibrosis, we will need to target genes (mutations, for ex.), not organs! I am convinced that the future of replacement medicine (organ transplant) is genomics (the science of the human genome). In 10 years we will be replacing (modifying) genes; not organs!


Anticipating the $100 genome era and the P4™ medicine revolution. P4 Medicine (Predictive, Personalized, Preventive, & Participatory): Catalyzing a Revolution from Reactive to Proactive Medicine.


After low-cost airlines (Ryanair, Easyjet ...) comes "low-cost" participatory medicine. Some of my readers have recently christened this long-lasting, clumsy attempt at e-writing of mine "THE LOW-COSTE INNOVATION BLOG". I am an
early adopter of scientific MOOCs. My name's Catherine Coste. I've earned myself four MIT digital diplomas: 7.00x, 7.28x1, 7.28.x2 and 7QBWx. Instructor of 7.00x: Eric Lander PhD.

Upcoming books: Airpocalypse, a medical thriller (action taking place in Beijing) 2017; Jesus CRISPR Superstar, a sci-fi -- French title: La Passion du CRISPR (2018).

I love Genomics. Would you rather donate your data, or... your vital organs?

Audio files on this blog are Windows files ; if you have a Mac, you might want to use VLC (http://www.videolan.org) to read them.

Concernant les fichiers son ou audio (audio files) sur ce blog : ce sont des fichiers Windows ; pour les lire sur Mac, il faut les ouvrir avec VLC (http://www.videolan.org).


Airpocalypse, a medical thriller - Un roman techno-médical


Airpocalypse tells the story of U.S. & Chinese efforts to prevent the merger of two silos: well-funded terrorist organization Daesh & organ trafficking in Xinjiang, a Muslim Chinese province. French, English and Chinese (Taiwan) versions will be out in 2017-2018.

Airpocalypse raconte les efforts communs déployés par les USA et la Chine pour empêcher la fusion de deux silos : l'organisation terroriste Daesh, richement financée, et le trafic d'organes dans le Xinjiang, une province musulmane chinoise.






Lenoir: "Il paraît que ce sont les services secrets chinois qui gouvernent en Corée du Nord, non l'Etat Parti chinois, encore moins les USA. On m'aurait dit qu'on m'invitait en Chine pour prélever des coeurs sur des Tibétains à des fins de transplantation, je me serais méfié, aurais prétexté un rendez-vous chez le dentiste. Mais sur des ressortissants du Xinjiang, province musulmane Chinoise, ou des adeptes du yoga, ces Falun Gong dont personne n'a entendu parler mais qui paraît-il sont l'ennemi public numéro un des autorités chinoises ?! Et voilà que Kim Jong-un cherche à fricoter avec Daesh, voisin immédiat du Xinjiang. Le gouvernement chinois craint une contamination par Daesh via la Corée du Nord. Sans parler des ex-républiques soviétiques, où tous les signaux sont au rouge. Quand j'ai fait mes études de médecine, on nous fournissait un scalpel ; pas une mappemonde …"

Lenoir: "It seems that the Chinese secret services govern North Korea, not the Chinese Party, let alone the US. Had they told me that I was invited to China to harvest hearts from Tibetans, I would have given my annual dental check-up as an excuse. Now, instead of Tibet, how about Xinjiang, a Chinese Muslim province, or some yoga followers from this Falun Gong sect no one has heard of, but they are supposed to be the N°1 public enemy of Chinese officials ?! And now Kim Jong-un is trying to mess with Daesh, whose territory is located right next to Xinjiang. Hence Chinese authorities are fearing contamination by Daesh via North Korea, not to mention the former Soviet republics, where all the alarm bells are ringing. When I studied medicine, we were provided with a scalpel; not a world map ..."


This is material under copyright. Ce matériel est sous copyright. 
Author: Catherine Coste
Auteur : Catherine Coste

The “Impatient Patient” is Geopolitics, and it “Will See You Now”

https://medium.com/@cathcoste/the-impatient-patient-is-geopolitics-and-it-will-see-you-now-ebf9d8974b90#.3ozd2fsvs
Further reading (French)

https://medium.com/@cathcoste

Le VRAI dépistage du cancer en France reste une zone interdite

http://photo.gala.fr/elise-lucet-ophelie-meunier-le-mercato-tele-de-la-rentree-17872#elise-lucet-quitte-le-jt-de-13h-sur-france-2-et-prend-la-tete-d-une-emission-quinzomadaire-le-jeudi-soir-321252
Je me doute que la pauvre Elise a fort à faire avec la politique en ce moment, mais la peur n'évitant pas le danger (autocraties plus populisme contre nos démocraties fatiguées), voici un petit topo utile si elle veut démarrer son documentaire, ou juste se renseigner. Lui ai donc transmis ce qui suit via la plateforme de microblogging twitter ... 

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Q. : Le cancer est une maladie des gènes. Notre génome se « reproduit » et fait des erreurs de copie, qui peuvent déclencher des maladies, dont le cancer. On parle beaucoup dans les milieux scientifiques américains de tests de biopsie liquide (liquid biopsy en anglais) pour dépister un cancer qui démarrerait. Ce test a été approuvé par la FDA, pourtant en France, c’est le vide sidéral. Vous qui êtes biologiste travaillant en Californie, pourriez-vous éclairer ma lanterne ? Je note que dans Wikipedia, il n’y a pas d’entrée pour biopsie liquide, en revanche voici ce qui est dit en anglais :
« A liquid biopsy, also known as fluid biopsy or fluid phase biopsy, is the sampling and analysis of non-solid biological tissue, primarily blood. Like traditional biopsy this type of technique is mainly used as a diagnostic and monitoring tool for diseases such as cancer, with the added benefit of being largely non-invasive.
Although a liquid biopsy of circulating tumor cells has been validated and approved by the FDA as a useful prognostic method for various types of cancer, its clinical implementation is not yet widespread. »
Réponse :
Ce test fait en fait partie d’une batterie de tests qui sont aujourd’hui proposés aux patients/patientes dans de nombreux pays, mais encore très rarement en France, ou si peu.
Il y a les tests génétiques de prédisposition à différents types de cancer (cancer risk panels), les test de profilage de tumeurs cancéreuses (genomic tumour profile) et les tests de suivi par biopsie liquide (liquid biopsy) dont certains sont maintenant considérés comme outils de dépistage précoce.
« - Pour ce qui est d’un cancer risk panel, c’est en général une 20aine de gènes qui sont testés pour la susceptibilité à certains cancer. AmbryGenetics, Myriad, font ça, c’est facturé $3000 ici (Californie). Tiens je note que Ambry est passé à 67 gènes :
Les tests génomiques de profilage de tumeurs rapportent les mutations possibles que l’on trouve dans les cellules tumorales, ils étudient en général 200 à 300 gènes, et permettent de proposer au patient un traitement spécifique pour son type de cancer. Les laboratoires faisant ce type de tests sont déjà nombreux aux USA (et ailleurs, sauf en France, d’où le plan Marisol Touraine), et un des leaders sur ce marché s’appelle Foundation Medicine, ils facturent leur test entre $6000 et $10.000.
Les tests génomiques faits sur biopsie liquide recherchent dans le sang les traces possibles de cellules cancéreuses qui referaient leur apparition lors d’une rechute ou d’un traitement inefficace chez un patient. La sensibilité des technologies de séquençage du génome est telle qu’un nombre infime d’ADN tumorale peut être ainsi détecté, les gènes mutés identifiés, le traitement ajusté, ou le diagnostic précisé. L’industrie du diagnostic moléculaire aux USA est en plein essor dans ce domaine, car il peut révolutionner la médecine prédictive.
Rare sont ceux qui font ça en Europe, OncoDNA en Belgique est un des rares à s’y être intéressé depuis longtemps, et à offrir ce type de test partout. (pour info Jeanpol Defitte, le founder de OnocDNA, était aussi le founder de DNAvision, racheté par Laurent Alexandre).

Un cancer qui aurait démarré, effectivement une biopsie liquide nouvelle génération pourrait détecter du DNA tumoral (avec mutations).
En France beaucoup d’oncologues ne savent même pas que cela existe. Mais c’est le type de test que fait OncoDNA en Belgique. Donc c'est à eux qu'il faudrait s'adresser … »
En France, le 1er type de tests n’est jamais proposé de facto aux femmes. Il faut qu’elles aient un historique familial lourd, pour que leur médecin « daigne » leur suggérer.
Comment faire quand on n’a plus sa mère, ou bien qu’on a jamais pu parler de ça avec sa propre famille, orpheline?
Il semblerait logique que dans ces conditions une femme puisse se faire faire d’elle-même le test. Non, ceci est interdit en France et punissable par la loi.
Voilà comment on perçoit la médecine prédictive en France. Il faut donc obtenir un RDV avec un généticien français, qu’il écoute votre histoire, et qu’il accepte d’ordonner un test génétique. Expérience vécue (voir plus loin): il faut jusqu’à 12 mois en France pour obtenir un RDV avec un généticien hospitalier, et ensuite jusqu’à 12 mois pour obtenir les résultats (pour un test qui peut être fait dans les 48h!!!).
Pour les 2ième et 3ième types de tests, peu d’oncologues ont connaissance de ces types de tests, et ils ne connaissent nullement l’offre du marché, puisque essentiellement basée à l’étranger.
Et j’apprends aujourd’hui la naissance de boite comme Traaser en France qui veut analyser des génomes entiers. On est un peu à côté de la plaque en France. Essayons d’abord de fournir aux patients des tests génétiques en 24h, et après on passera au génome. Euh, en fait, on verra ca en Chine ou aux US, bien avant que la France ait rattrapé son retard. http://www.traaser.net"

Les mammographies conduisent à beaucoup de suspicions de cancer qui sont infondées, et entraînent soins invasifs et dégâts psychologiques nuisant gravement à la santé, d’après le leader d’opinion dans le milieu médical américain, le cardiologue Eric Topol, auteur du best-seller non traduit en français : « The Patient Will See You Now ». La mammographie ne réduirait en rien la mortalité dans le cas du cancer du sein. Dans ce contexte alarmant, les patientes risquent de se tourner vers la biopsie liquide, examen bien plus précis que la mammographie, surnommée chez les généticiens américains « la machine à faux positifs ». Un faux positif est une suspicion de cancer alors qu’en réalité il n’y a rien. 

Dr Eric Topol : « Sur 1.000 femmes de plus de 50 ans soumises à une mammographie annuelle, 5 en tireront un réel bénéfice tandis que 600 subiront un préjudice , lié à un diagnostic que l’on peut qualifier de ‘faux positif’ : suspicion de cancer, qui s’avérera inexacte ou infondée, mais qui entraînera pour la patiente biopsies à répétition, scans, radiations, intervention(s) chirurgicale(s), dégâts émotionnels. » La mammographie devrait être faite suite à un dépistage génétique prouvant la prédisposition ou risque accru d’un patient ou d’une patiente (eh oui le cancer du sein existe aussi chez les hommes) … et non à la place du test génétique (BRCA 1 et 2). Je rappelle que faire séquencer son génome de sa propre initiative est interdit par la loi en France. On encourt amende et prison si on contrevient à la loi bioéthique …

Je m’ouvre de mes inquiétudes (retard de la France !) à mon interlocuteur biologiste vivant et travaillant à San Diego, et constate qu’il n’est guère plus optimiste que moi…
"Je vous ai dit que ma copine, après deux cancers du sein, un mélanome, n’avait pu avoir un rdv avec le généticien français que dans 12 mois? Pour un test génétique de prédispositions et de risques. Je ne pense meme pas que cela inclut la pharmacogénomique (utilisation de données génétiques personnelles pour adapter au mieux une chimiothérapie par exemple, ou prévoir de manière individualisée, pour chaque patient, l’utilité et la nocivité éventuelle d’un médicament donné). Elle a finalement été appelée récemment du fait d’un désistement d’une patiente, a eu sa prise de sang pour le test génétique, et….on lui a promis les résultats dans 12 mois. C’est la pure vérité.

12 mois pour un test qui prend moins de 48h. L’explication donnée : ils ont beaucoup de patientes avant elle ! On est un peu à coté de la plaque en France. Essayons (…) de fournir aux patients des tests génétiques en 24h (…). Euh, en fait, on verra ça en Chine ou aux US, bien avant que la France ait rattrapé son retard."

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Suis à la disposition d'Elise Lucet pour aider à un éventuel reportage. 

Personnellement, je trouve ce document accablant ... "Sur 1.000 femmes de plus de 50 ans soumises à une mammographie annuelle, 5 en tireront un réel bénéfice tandis que 600 subiront un préjudice, lié à un diagnostic que l’on peut qualifier de ‘faux positif’ : suspicion de cancer, qui s’avérera inexacte ou infondée, mais qui entraînera pour la patiente biopsies à répétition, scans, radiations, intervention(s) chirurgicale(s), dégâts émotionnels."

Il faut que les gens l'apprennent ...

Liens utiles (je les ajoute au fur et à mesure de mes échanges sur twitter) :

http://www.stsiweb.org/rock-star-doc-pioneering-medicine-future

Gene Editing Tale

https://fr.pinterest.com/dalyapallot


Gene Editing Tale,

A black cat
Taking a stroll in a CRISP cold aiR
Sees a dog with such a white fur
It makes him purr.
The dog was running so fast

Stops cold,
Cat startled.

«  Where do you work? »
« - In barking-mad science »
« Me, in a China shop. »
There was silence
Between them. 
Both at a loss
Struggling to understand what stopped them.
Looking at the cobblestone
In vain
« It must be something in the air, then »
Said the dog. « - I wouldn’t know, » said the cat.
« I’m only dealing with porcelain
And price tags. And also, I work at night. »
« Touching anything without breaking it. »

The dog has had enough of white
The cat was tired of night shift.

« Because of the air,
I think we can help each other. »

« But how?? » The dog felt stupid for stopping and listening.
They both voiced their disliking
For each other. « - It ’s in our genes. »
Experimenting that CRISP thing in the aiR on our genes
Will change medicine. 
Let’s spare the lab rats. The cat felt the passion
In the dog’s eyes.
The dog’s mind was racing.
In the CRISP aiR
They began to fear
Both may be turned into one cow,
Bacteria science getting trickier.

I want Star Trek science, not mad science,
Ironized the cat. There was silence.
The dog started regretting the whole thing,
Afraid of becoming a fat cow he stopped eating.

« Because of the air,
I think we can help each other. »

« Did you just say something? »
«  - Me? No, » answered the cat.
Now the air was talking.
«  I’m confused. Air is not a country, it has no language. Air just
shuts up. «  - In a China shop, air is a polyglot, »
Said the cat. He seemed to know about
CRISP aiR more than the dog,
A mad-science rock star.

« We have to work together.
Not because of you, not because of me.
Because of the air. »

They listened, as the air started
Talking in Spanish and Python.
« Is the air coding genes
To edit our proteins? »
« - Meh », shrugged the cat.
Dog voicing regret,
But it was too late.
The air could also speak AI.
Radiologists got edited out
Of medicine. Cat became art,
A mona lisa with the cat’s tongue.
Dog was edited into Spock.

« Because of the air,
I think we can help each other. »

Rhyming genes.
« I feel stupid for liking you »
Said Spock the dog to
Hungry Mona Lisa. 

« Changing medicine
Must be like painting genes.
It's been centuries,
But nobody can explain Mona Lisa's smiles. »

Patient is Data
Doctor is Software.
Define data:
3 billion DNA base pairs
20 tera octet; 20,000 gigas
20,000 billion information per patient,
We each have 2 million mutations
Faced with the reference genome;
But far fewer diseases;
25 million mutations per cancer cell.
The analysis of all this requires Principal component analysis (PCA)
With up to 800 million factors
Doctor House himself
Could not analyze 20 tera bytes of data per patient
Within 15 minutes, which should include
Patient unclothing and dressing again.

Mona’s smile is an Algorithm 
Cat and dog both here to serve Him.

« Because of the air,
I think we can help each other. »

A.I. and CRISP aiR,
Getting along like cat and dog,

Vous ne pourrez bientôt plus vous opposer au prélèvement de vos organes





Petit rappel : depuis début 2017, le consentement présumé au don de ses organes à sa mort a été renforcé dans la loi (lois biomédicales).  Les proches n'auront plus la possibilité de s'opposer à des prélèvements d'organes si les équipes soignantes ont opté pour cette voie, suite à un diagnostic de "mort encéphalique" dont les critères, rappelons-le, n'ont jamais été définis de manière uniforme d'un pays sur l'autre ... La mort encéphalique équivaut à une incompétence du cerveau, à un coma dépassé, ce qui n'équivaut pas strictement à la mort ...

Bon courage à tous ! On attend à présent la loi qui va nous interdire de nous opposer au prélèvement de nos organes ... sous peine d'emprisonnement. Déjà qu'on n'a pas le droit de faire séquencer son génome de sa propre initiative en France ... A suivre  ...


Skype Doll


CRISPR, a geopolitical editing tool in med thriller "Airpocalyse"

Illustration by Florence Cartozo

« In the US science has to be religion-compliant and middle-class is shrinking, whereas in China religion has to be science-compliant and middle-class is expanding. »

Lenoir, a French cardiac surgeon in my upcoming medical thriller Airpocalypse.

Airpocalypse tells the story of U.S. & Chinese efforts to prevent the merger of two silos: well-funded terrorist organization Daesh & organ trafficking in Xinjiang, a Muslim Chinese province. Until now, genomics and geopolitics were two separate silos. Cool gene editing tool CRISPR is a game changer, as it is not only a scientific tool. Also, it is becoming a geopolitics editing tool. 

Author: Catherine Coste

Copyrighted material

Genomic Entertainment With Rappers




Genomic Entertainment With Rappers - My list: Eminem, Rick Ross, T.I., Drake. Trying to adapt this text, to start with: The Bismillah of DNA (lyrics by Catherine Coste)

Drake
Thank me later
Rick Ross
Teflon Don

Rick ross & Drake

Made men

The Game Ft. T.I. & Robin Thicke - Pushin' It

The Bismillah Of DNA 

Jungle Genomic Book
3 billion base pages 
Of As, Ts, Cs and Gs 
Not informative.
3 billion phenotypes:
Holy Grail
Big Pharma 
One Blockbuster.
New tool
For evolution
Found
In ancestral species:
RNAs.
3 billion phenotypes:
Holy Grail.
Big Pharma 
One Blockbuster.
Genes replicating,
Expanding,
Travelling without moving.

At the beginning 
Of life:
No Copyright Infringement
Madness. 
Lawyers:
Nucleic acid
Replicating machines,
Viruses
Wreaking havoc. 
3 billion phenotypes:
Holy Grail.
Big Pharma 
One Blockbuster.

At the beginning
Of life:
RNA Interference Madness.
The cop
Protecting « Purple » 
Killing « Elprup ».

Mirror images:
Vade retro,
Omnia Vanitas 
Virus.
3 billion phenotypes:
Holy Grail.
Big Pharma 
One Blockbuster.

Evolution with cop:
Cutting through proteins.
Doctor's stethoscope, 
Out of Patient's scope,
Has fallen into disuse.
Blockchain and Smartphone, 
Playing Doctor on 
Periscope.

I am a Uighur
Looking for the Bismillah of DNA
I am looking for the Bismillah
Of DNA 
Of RNA
The Sunnah of Biology

They say
DNA makes RNA makes Protein
The Sunnah the better
The Sunnah you understand
Biology
The better.

Looking for the Bismillah of DNA
I found viruses
RNA viruses
Their genomes are made of RNA
But they eventually
Make a copy
A DNA copy
Of their RNA genome
And integrate it
Into the host 
Organism.

Looking for the Bismillah of DNA
The Sunnah of biology
I discovered 
This is the first time 
The central dogma
Ever went backwards.

The Bismillah of DNA
Is not as dogmatic
As we originally thought -
Looking for the Sunnah of Biology
I ended up with a Nobel

Prize.

Painting Genes

Genomic Entertainment Project (cont'd)

Painting Genes / Cézanne Peint, a song by France Gallhttps://youtu.be/cB8kQm-CmHY

Paul Cézanne, autoportrait

GEORGE CHURCH

Of course, French painter Cézanne is… US scientist George Church...

French singer France Gall
French scientist (biologist) Emmanuelle Charpentier
... and France Gall is… Emmanuelle Charpentier ;-) 

Painting Genes


Performing: Emmanuelle Charpentier as France Gall, as Emmanuelle is a French native speaker. So she knows the song, right?

Painting Genes - Lyrics by Catherine Coste, but everyone is welcome to try to sing along...

The beating heart of
DNA in a smile
On Mona Lisa’s lips.
Heredity writing,
Editing her genome.
Mona going global,
Digitize DNA
At the speed of light and
Love in her art.

Oxygen produced by
Plants and bacteria
All regulated by
DNA.
The Louvre in Paris inside each of us and oh
Everywhere
Around us. Mona’s museum in Paris will
Become an art and gene
Editing tool. She’s still
Smiling. Did she find...


... The art and science
Of impossibly
Complex DNA,
Repositories
That are being forked
And modified all 
Around us, living
Things, zeros and ones,
Four chemicals,
All seeing past my skin
Right into my soul,
Making mistakes when
Copying
DNA. Do you call cancer cells science or
Painting genes?
The Cézanne of CRISPR, cool gene editing tool,
His flowing beard smiling,
Painting genes with the brush
Strokes of da Vinci.
The canvas’ soul
Is Python.

Painting genes…

Painting Genes

Silence les grillons 5
The beating heart of
Sur les branches immobiles 6
DNA in a smile
Les arbres font des rayons 6
On Mona Lisa’s lips.
Et des ombres subtiles 6
Heredity writing,
Silence dans la maison 6
Editing her genome.
Silence sur la colline 6
Mona going global,
Ces parfums qu'on devine 6
Digitize DNA
C'est l'odeur de saison 6
At the speed of light and
Mais voilà l'homme 4
Love in her art.
Sous son chapeau de paille 6
Oxygen produced by
Des taches plein sa blouse 5
Plants and bacteria
Et sa barbe en bataille 6
All regulated by
Cézanne peint 3
DNA.
Il laisse s'accomplir la magie de ses mains 12
The Louvre in Paris inside each of us and oh
Cézanne peint 3
Everywhere
Et il éclaire le monde pour nos yeux qui n'voient rien 12
Around us. Mona’s museum in Paris will
Si le bonheur existe 6
Become an art and gene
C'est une épreuve d'artiste 6
Editing tool. She’s still
Cézanne le sait bien 5
Smiling. Did she find...

Vibre la lumière 5
... The art and science
Chantez les couleurs 5
Of impossibly
Il y met sa vie 5
Complex DNA,
Le bruit de son cœur 5
Repositories
Et comme un bateau 5
That are being forked
Porté par sa voile 5
And modified all 
Doucement le pinceau 5
Around us, living
Glisse sur la toile 5
Things, zeros and ones,
Et voilà l'homme 4
Four chemicals,
Qui croise avec ses yeux 6
All seeing past my skin
Le temps d'un éclair 5
Right into my soul,
Le regard des dieux 5
Making mistakes when
Cézanne peint 3
Copying
Il laisse s'accomplir le prodige de ses mains 12
DNA. Do you call cancer cells science or
Cézanne peint 3
Painting genes?
Et il éclaire le monde pour nos yeux qui n'voient rien 12
The Cézanne of CRISPR, cool gene editing tool,
Si le bonheur existe 6
His flowing beard smiling,
C'est une épreuve d'artiste 6
Painting genes with the brush
Cézanne le sait bien 5
Strokes of da Vinci.
Quand Cézanne peint 4
The canvas’ soul
Cézanne peint... 3
Is Python.

Painting genes…