Precision Medicine will need to get out of the pharma silo that is based on symptoms


Welcome to the digital era of biology (and to this modest blog I started in early 2005).

To cure many diseases, like cancer or cystic fibrosis, we will need to target genes (mutations, for ex.), not organs! I am convinced that the future of replacement medicine (organ transplant) is genomics (the science of the human genome). In 10 years we will be replacing (modifying) genes; not organs!


Anticipating the $100 genome era and the P4™ medicine revolution. P4 Medicine (Predictive, Personalized, Preventive, & Participatory): Catalyzing a Revolution from Reactive to Proactive Medicine.


After low-cost airlines (Ryanair, Easyjet ...) comes "low-cost" participatory medicine. Some of my readers have recently christened this long-lasting, clumsy attempt at e-writing of mine "THE LOW-COSTE INNOVATION BLOG". I am an
early adopter of scientific MOOCs. My name's Catherine Coste. I've earned myself four MIT digital diplomas: 7.00x, 7.28x1, 7.28.x2 and 7QBWx. Instructor of 7.00x: Eric Lander PhD.

Upcoming books: Airpocalypse, a medical thriller (action taking place in Beijing) 2017; Jesus CRISPR Superstar, a sci-fi -- French title: La Passion du CRISPR (2018).

I love Genomics. Would you rather donate your data, or... your vital organs?

Audio files on this blog are Windows files ; if you have a Mac, you might want to use VLC (http://www.videolan.org) to read them.

Concernant les fichiers son ou audio (audio files) sur ce blog : ce sont des fichiers Windows ; pour les lire sur Mac, il faut les ouvrir avec VLC (http://www.videolan.org).


Painting Genes

Genomic Entertainment Project (cont'd)

Painting Genes / Cézanne Peint, a song by France Gallhttps://youtu.be/cB8kQm-CmHY

Paul Cézanne, autoportrait

GEORGE CHURCH

Of course, French painter Cézanne is… US scientist George Church...

French singer France Gall
French scientist (biologist) Emmanuelle Charpentier
... and France Gall is… Emmanuelle Charpentier ;-) 

Painting Genes


Performing: Emmanuelle Charpentier as France Gall, as Emmanuelle is a French native speaker. So she knows the song, right?

Painting Genes - Lyrics by Catherine Coste, but everyone is welcome to try to sing along...

The beating heart of
DNA in a smile
On Mona Lisa’s lips.
Heredity writing,
Editing her genome.
Mona going global,
Digitize DNA
At the speed of light and
Love in her art.

Oxygen produced by
Plants and bacteria
All regulated by
DNA.
The Louvre in Paris inside each of us and oh
Everywhere
Around us. Mona’s museum in Paris will
Become an art and gene
Editing tool. She’s still
Smiling. Did she find...


... The art and science
Of impossibly
Complex DNA,
Repositories
That are being forked
And modified all 
Around us, living
Things, zeros and ones,
Four chemicals,
All seeing past my skin
Right into my soul,
Making mistakes when
Copying
DNA. Do you call cancer cells science or
Painting genes?
The Cézanne of CRISPR, cool gene editing tool,
His flowing beard smiling,
Painting genes with the brush
Strokes of da Vinci.
The canvas’ soul
Is Python.

Painting genes…

Painting Genes

Silence les grillons 5
The beating heart of
Sur les branches immobiles 6
DNA in a smile
Les arbres font des rayons 6
On Mona Lisa’s lips.
Et des ombres subtiles 6
Heredity writing,
Silence dans la maison 6
Editing her genome.
Silence sur la colline 6
Mona going global,
Ces parfums qu'on devine 6
Digitize DNA
C'est l'odeur de saison 6
At the speed of light and
Mais voilà l'homme 4
Love in her art.
Sous son chapeau de paille 6
Oxygen produced by
Des taches plein sa blouse 5
Plants and bacteria
Et sa barbe en bataille 6
All regulated by
Cézanne peint 3
DNA.
Il laisse s'accomplir la magie de ses mains 12
The Louvre in Paris inside each of us and oh
Cézanne peint 3
Everywhere
Et il éclaire le monde pour nos yeux qui n'voient rien 12
Around us. Mona’s museum in Paris will
Si le bonheur existe 6
Become an art and gene
C'est une épreuve d'artiste 6
Editing tool. She’s still
Cézanne le sait bien 5
Smiling. Did she find...

Vibre la lumière 5
... The art and science
Chantez les couleurs 5
Of impossibly
Il y met sa vie 5
Complex DNA,
Le bruit de son cœur 5
Repositories
Et comme un bateau 5
That are being forked
Porté par sa voile 5
And modified all 
Doucement le pinceau 5
Around us, living
Glisse sur la toile 5
Things, zeros and ones,
Et voilà l'homme 4
Four chemicals,
Qui croise avec ses yeux 6
All seeing past my skin
Le temps d'un éclair 5
Right into my soul,
Le regard des dieux 5
Making mistakes when
Cézanne peint 3
Copying
Il laisse s'accomplir le prodige de ses mains 12
DNA. Do you call cancer cells science or
Cézanne peint 3
Painting genes?
Et il éclaire le monde pour nos yeux qui n'voient rien 12
The Cézanne of CRISPR, cool gene editing tool,
Si le bonheur existe 6
His flowing beard smiling,
C'est une épreuve d'artiste 6
Painting genes with the brush
Cézanne le sait bien 5
Strokes of da Vinci.
Quand Cézanne peint 4
The canvas’ soul
Cézanne peint... 3
Is Python.

Painting genes…

A medical thriller about CRISPR (soon out)

Catherine Coste

All Thanks To DNA

For Emily Leproust, Twist Bioscience, San Francisco

Emily is... French artist Cabrel singing "Sarbacane" :-)
So i've been trying to write some lyrics (please don't laugh)

Emily's presentation: awesome!! Check it out here
Sarbacane, a song by French artist Cabrel

All Thanks To DNA (lyrics by Catherine Coste)

DNA is the next silicon 
Making from scratch 
DNA! valley of wonderment 
10 thousand genes 
Screen, select for desired function : 
Mammalian cells and algae bio- 
 factories, plants, construction… re- 
-genesis.

Designing DNA  
Mutations. Won’t you try 
Synthetic bio,
A billion dollar market, to change 
The world? Like making more food with less 
Arable land and fertilizers. 
Eliminate oil as a source 
Of our life 

Bacteria in soil feeds natural genes 
As a fertilizer to the plant and 
Gives vitamin A to children, thanks 
To gene clusters making rice with 
Vitamins. Vanilla from yeast, 
No phenol
Oh, no phenol 

With modified yeast you ferment sugar, 
Much healthier than vanilla coming from 
Oil. And use DNA to solve some 
Diseases. In yeast ferment and 
Sugar, make artemisinin 
You beat, oh 
Malaria. 

All thanks to DNA you can 
Modify white blood cells that will kill, 
Locate’n target, all of your 
Cancer cells, 
Oh cancer cells. 

Or making keratin-like proteins
Like the ones in rhino horn. Heroin 
Only is pricier than rhino horn! 
Squalene, a cosmetic coming 
From shark livers, can also be 
Engineered, 
And…
Spider silk 

Drug screening, antibody enginee-  
-ring, discovering new drugs, all thanks to 
DNA, that can help replace coal,  
Fuel, gaz, used to create plastic, 
Fertilizer, energy, not 
Sustainable 

Instead of oil, modify yeast 
And organisms like e-coli 
Create biofactories, use 
CO2, 
sunlight and 
sugar and 
DNA 

Oh, DNA 

-------------------------------------------------------------

Sarbacane
All Thanks To DNA


On croyait savoir tout sur l'amour 9
DNA is the next silicon 9
Depuis toujours, 4
Making from scratch 4
Nos corps par cœur et nos cœurs au chaud 9
DNA! valley of wonderment 9
Dans le velours, 4
10 thousand genes 4
Et puis te voilà  bout de femme, 8
Screen, select for desired function : 8
Comme soufflée d'une sarbacane. 9
Mammalian cells and algae bio- 9
Le ciel a même un autre éclat 8
factories, plants, construction… re- 8
Depuis toi. 3
-genesis. 4

Les hommes poursuivent ce temps 6
Designing DNA 6
Qui court depuis toujours, 6
Mutations. Won’t you try 6
Voilà que t’arrives 5
Synthetic bio,
Et que tout s'éclaire sur mon parcours, 9
A billion dollar market, to change 9
Pendue à mon cou comme une liane, 9
The world? Like making more food with less 9
Comme le roseau de la sarbacane. 9
Arable land and fertilizers. 9
Le ciel s'est ouvert par endroits 8
Eliminate oil as a source 8
Depuis toi. 3
Of our life 3

Pas besoin de phrases ni de longs discours, 10
Bacteria in soil feeds natural genes 10
Ça change tout dedans, ça change tout autour. 10
As a fertilizer to the plant and 10
Finis les matins paupières en panne, 9
Gives vitamin A  to children, thanks 9
Lourdes comme les bouteilles de butane, 8
To gene clusters making rice with 8
J'ai presque plus ma tête à moi, 8
Vitamins. Vanilla from yeast, 8
Depuis toi. 3
3 No phenol
oh, no phenol 4

Pas besoin de faire de trop longs discours, 10
With modified yeast you ferment sugar, 10
Ça change tout dedans, ça change tout autour, 10
Much healthier than vanilla coming from 10
Pourvu que jamais tu ne t'éloignes, 9
Oil. And use DNA to solve some 9
Plus loin qu'un jet de sarbacane, 8
Diseases. In yeast ferment and 8
J'ai presque plus ma tête à  moi, 8
Sugar, make artemisinin 8
Depuis toi. 3
You beat, oh 3
Malaria. 3

Alors te voilà  bout de femme, 8
All thanks to DNA you can 8
Comme soufflée d'une sarbacane. 9
Modify white blood cells that will kill, 9
Le ciel s'est ouvert par endroits, 8
Locate’n target all of your 8
Depuis toi. 3
Cancer cells. 3
Oh depuis toi 4
Oh cancer cells 4

Pas besoin de phrases ni de longs discours, 10
Or making keratin-like proteins10
Ça change tout dedans, ça change tout autour. 10
Like the ones in rhino horn. Heroin 10
Finis les matins paupières en panne, 9
Only is pricier than rhino horn! 9
Lourdes comme les bouteilles de butane, 8
Squalene, a cosmetic coming 8
J'ai presque plus ma tête à  moi, 8
From shark livers, can also be 8
Depuis toi. 3
Engineered, 3
And…
Spider silk 3

Pas besoin de faire de trop longs discours, 10
Drug screening, antibody enginee- 10
Ça change tout dedans, ça change tout autour, 10
-ring, discovering new drugs, all thanks to 10
Pourvu que jamais tu ne t'éloignes, 9
DNA, that can help replace coal, 9
Plus loin qu'un jet de sarbacane, 8
Fuel, gaz, used to create plastic, 8
J'ai presque plus ma tête à  moi, 8
Fertilizer, energy, not 8
Sustainable 4

Alors te voilà  bout de femme, 8
Instead of oil, modify yeast 8
Comme soufflée d'une sarbacane. 9
And organisms like e-coli 9
Le ciel s'est ouvert par endroits, 8
Create biofactories, use 8
CO2 3
sunlight and 3
sugar and 3
DNA 3

Oh, DNA 4

Me, in three numbers and one tweet and a book

Link to my bioethics chronicles on Agoravox:
http://www.agoravox.fr/auteur/catherine-coste 

Fictions:



Link to book (Kindle)

Airpocalypse, my med. thriller, out soon (FR version)

Airpocalypse tells the story of U.S. & Chinese efforts to prevent the merger of two silos: well-funded terrorist organization Daesh & organ trafficking in Xinjiang, a Muslim Chinese province.

Florence Cartozo






In my upcoming medical , Mia is the assistant to Lenoir, a French cardiac surgeon, senior member of the "Academy de Médecine".

Illustration by Florence Cartozo

Catherine Coste

Le Corps du CRISPR

Natalie Shau
Please note that this material is under copyright. It will appear in my upcoming medical thriller, French version, "Airpocalypse".

Le corps du CRISPR

Pour Desktop Genetics

Les patients souffrant de cancer
Réclament à corps et à CRISPR
L’outil qui permet
De traiter le génome humain
Lorsque notre ADN se met
A dérailler en se recopiant à l’in-
Fini.

L’ADN se copie
Encore et encore.
Quand il y a des erreurs,
Gare au cancer !
L’ADN qui se reproduit,
Ca peut déclencher tout un tas de maladies.
On attrape le cancer
Lorsque nos cellules font des erreurs
En copiant l’ADN.

L’ADN se copie
Encore et encore.
Quand il y a des erreurs,
Gare au cancer !
L’ADN qui se reproduit,
Ca peut déclencher tout un tas de maladies.
On attrape le cancer
Lorsque nos cellules font des oh-rreurs
En copiant l’ADN.

En lisant l’ADN,
Les chercheurs 
Capturent
Un gène pas très catholique
Causant, par croissance anarchique,
Des tumeurs.

Supprimer, puis réécrire un gène
Dans une cellule humaine
Pour voir comment l’organisme
Se comporte
Sans ce traumatisme,
Ce n’est pas de la tarte !
L’ADN est tout emberlificoté
Dans une microscopique cellule,
Retranché derrière deux membranes qui l’isolent.

Or voici que prendre l’ADN pour cible
Est désormais possible.
Ce n’est pas de la magie,
Plutôt de la biologie.
L’ADN a beau être entortillé
Dans une cellule microscopique
Entourée de deux parois,
Fini le désarroi.
Une nouvelle technique
Permet de supprimer, copier et coller
Des gènes en toute sérénité.
Les bactéries 
Ont un système immunitaire.
Si un virus les attaque,
Elles suppriment tout à trac
L’ennemi.
Cette stratégie immunitaire,
Cette technique
100% biologique,
A été étudiée
Puis imitée
Par des scientifiques.
CRISPR est né,
C’est un outil qui permet de réécrire ou changer,
Comme vous voudrez,
L’ADN humain.

Des protéines-ciseaux capables de couper
N’importe quelle séquence d’ADN
Dans n’importe quelle cellule déterminée
Du corps humain.
Cibler l’aiguille dans la botte de foin.
Ces ciseaux moléculaires
A couper l’ADN
Sont programmés grace à des « software ».
Ces ciseaux moléculaires
S’insèrent
Dans les cellules de tout 
Organisme vivant.
Avec CRISPR, vous
Coupez d’un coup de ciseaux 
L’ADN des cellules can-
Céreuses.
Un gène pas catholique ?
Clac, un coup de ciseaux,
Ca lui coupe la chique
Et le cancer
Va se faire voir
Ailleurs.

CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.
Gare !
CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.

Si vous pensez que c’est là déraison,
Cette histoire de cancer coupé
Par des protéines-ciseaux,
C’est que vous n’avez pas encore entendu parler
De la nouvelle religion,
Le corps du CRISPR.

CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.
Gare !
CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.
Les cellules
Cancéreuses
Sont à présent sous contrôle.
Quels gènes causent quels
Cancers ?

Selon que ce gène-ci
Cause ce cancer-ci
Ou que ce gène-là
Cause ce cancer-là,
Le docteur ne prescrira pas
La même chimiothérapie,
Radiothérapie et caetera.
Le corps du CRISPR
Ca dit c’est comme ci 
Ou c’est comme ça.
Le corps du CRISPR sera là
Pour indiquer le traitement le plus adéquat. 

CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.
Gare !
CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.

Si vous pensez que c’est là déraison,
Cette histoire de cancer coupé
Par des protéines-ciseaux,
C’est que vous n’avez pas encore entendu parler
De la nouvelle religion,
Le corps du CRISPR.

Dans la résistance aux antibiotiques,
Un problème de santé publique
Majeur,
Utiliser CRISPR
Pour empêcher
Tout micro-organisme de résister
Aux effets des antibiotiques.
A la bonne heure,
CRISPR,
Ce drôle de loustic,
Permet de supprimer
La résistance aux antibiotiques.

Les chirurgiens dans le futur
Transplanteront des gènes
Au lieu 
Des organes.
Grâce à CRISPR,
Un gène capricieux
Pourra être remplacé
Par son frère jumeau plus gracieux.
CRISPR. Couper. Coller.
Ce n’est pas de la magie,
Plutôt de la biologie.

CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.
Gare !
CRISPR est le croisé du cancer
Qui rime avec futur.
Il va évangéliser la Terre
Plus vite que son ombre.

Si vous pensez que c’est là déraison,
Cette histoire de cancer coupé
Par des protéines-ciseaux,
C’est que vous n’avez pas encore entendu parler
De la nouvelle religion,
Le corps du CRISPR.

CRISPR. Couper. Coller.
Ce n’est pas de la magie,
Plutôt de la biologie.

CRISPR. Couper. Coller.
Ce n’est pas de la magie,
Plutôt de la biologie.



Airpocalypso




David Delmare
Florence Cartozo
Please note that this material is under copyright. It will appear in my upcoming medical thriller, French version, "Airpocalypse".

Airpocalypso
Pour Jean-Christophe Victor

La Chine met en service
Deux usines à combustion
De charbon
Chaque mois,
Ce qui conduit
Le pays
A brûler aujourd’hui
50% de la production
Mondiale annuelle
De charbon.
Le C0 2 dans l’air explose,
Les microparticules
De moins de 2,5 micromètres 
De diamètre,
100 fois plus fines qu’un cheveu,
Aussi.

« Particulate Matter 2.5 »
Est le petit nom
De ta bronchite chronique,
De ton cancer du poumon
Ou de ta crise cardiaque.
PM 2.5 s’échappe
Des voitures, des plantes ou
Du charbon,
A Delhi, Patna, Gwalior et Raipur
PM 2.5 made-in-India.
Ou made-in-Pakistan :
Karachi, Peshawar et Rawalpindi.
PM 2.5 made-in-China :
Pékin est sous le smog,
Baoding, Shijiazhuang et Xingtai aussi.
« Particulate Matter 2.5 »
La Chine est le premier marché
De véhicules particuliers
Au monde.

Airpocalypso
L’économie prend son essor
Et la sirène se mord
La queue.

La circulation
Est responsable de 58% des émissions
De monoxyde d’azote
Et de 25% des émissions
De particules fines.
En Chine,
Toujours plus à l’ouest.
Arrivée au Xinjiang,
Airpocalypso
Redevient petite sirène.
Mais à l’est de la Chine,
La concentration de particules fines,
De dix fois supérieure
Au niveau moyen
Recommandé par l’OMS…
Airpocalypso
L’économie prend son essor
Et la sirène se mord
La queue.

Calypso
Et sa toux sifflante
A la COP 21
Puis à la 22,
Surnageant
Dans les vrombissements
Des moteurs
De mobylettes à Marrakech.
Les minarets
De mosquées,
Cheminées enfumées,
Nagent et toussent
Dans les pots d’échappement
De ruelle en ruelle.
A la Médina,
De minaret-fil en minaret-aiguille,
La petite sirène 
Nage dans le désert.

A la 22 il n’y a que
Les cigognes, installées
Sur la paille en haut
Des minarets,
Qui prient,
De fil en aiguille,
Pour Airpocalypso.
Les minarets brodent,
La santé se brade.
La petite sirène
Est un objet en filigrane
D’argent.
Airpocalypso
L’économie prend son essor
Et la sirène se mord
La queue.

Demain est né
D’une sirène 
Pérenne,
Celle qui prend son essor
Tandis que l’économie se mord
La queue.
Calypso.
Demain est né
D’une sirène 
Pérenne,
Celle qui prend son essor
Tandis que l’économie se mord
La queue.

Calypso.

Bossy Missy Meteorology, For Plume Labs App (English version)

Plume Labs App
Telling me 
What’s
Hanging in the air,
The IBM Watson
Of air quality.
Big Data applied
To pollution.

Six types of pollutants:
Particulate matters
Nitrogen Dioxide (NO 2)
Ozone
Sulfur Dioxide
Carbon Monoxide
Volatile organic compounds.

In the course of
Particulate matters
That will stay forever
In my lungs,
Wind and sun
Matter.
Wind can get us rid
Of pollutants.
Ultraviolet light beams
Are transforming
Exhaust gas
At ground level.
As a consequence:
Ozone!
Ozone is a harmful
Pollutant 
At ground level.

Polluting ozone
Found at ground level
Has nothing to do
With ozone from
The upper 
Atmosphere layer,
Protecting us from
UV light beams
Coming from
The sun.

Six types of pollutants:
Particulate matters
Nitrogen Dioxide (NO 2)
Ozone
Sulfur Dioxide
Carbon Monoxide
Volatile organic compounds.

In meteorology,
An inversion
Is a deviation
From the normal change
Of an atmospheric property
With altitude.
It refers to a temperature
Inversion,
Which means
Temperature will increase
With heights.
This will create
In the atmosphere
Some hot air cover
Called inversion layer.
Why should I care?
Bloody inversion layer
Will maintain pollutants
On the ground.

Six types of pollutants:
Particulate matters
Nitrogen Dioxide (NO 2)
Ozone
Sulfur Dioxide
Carbon Monoxide
Volatile organic compounds.

Six types of pollutants.
When their agenda is full,
Be careful.
Don’t take your new baby
On an outing.

Six types of pollutants.
When their agenda is full,
Be careful.
Don’t take your new baby

On an outing.